↑ «Harden, Lillard headline 2021 NBA All-Star reserves». ↑ Uniforme utilizado en conmemoración al 126.º aniversario del club. Nacional clasificó a la Copa Sudamericana luego de ganar la Copa Colombia en 2013, dejó atrás a Deportivo La Guaira de Venezuela, Club General Díaz del Paraguay, a E. C. Vitória de Brasil en los octavos, a la Universidad César Vallejo del Perú en cuartos y a São Paulo F. C. de Brasil en semifinales, para llegar a la final y enfrentarse a River Plate de la Argentina. Posteriormente, el club fue galardonado con el Premio del Centenario Conmebol al Fair Play y con la Cruz y Medalla al Mérito Deportivo por la presidencia de Brasil. Por su parte, Atlético Nacional solicitó a la Conmebol que el título le sea otorgado, de manera honorífica, al club brasileño. El partido de ida de la final, programado para el 30 de noviembre, nunca pudo ser jugado debido al accidente sufrido por el rival brasileño Chapecoense donde se perdió prácticamente todo el plantel. 3 de diciembre Atlético Nacional hizo un homenaje a Chapecoense dedicando el triunfo derrotado con la nómina mixta 3-0 contra Millonarios, teniendo en cuenta que esta vez, igual que el torneo apertura, tuvo que competir con jugadores alternos, ya que el primer equipo disputaba la Copa Sudamericana y posteriormente, el Mundial de Clubes.
En el Torneo Finalización el cuadro Verdolaga terminó en la posición 12 con 22 puntos, lo que provocó cambios en la nómina al finalizar el año. Los directivos del equipo lograron la contratación del profesor Juan Carlos Osorio, el cual realizó pocos cambios a la nómina, los más importantes fue la rescisión del contrato con Cristian Tula y Johan Fano, la no renovación a Jairo Patiño y la venta de Dorlan Pabón y Juan Fernando Quintero, el traspaso del delantero John Pajoy, el delantero Jefferson Duque, el préstamo por un año de Cristhian Bonilla, el fichaje de Francisco Nájera y del delantero Fernando Uribe. Para iniciar la temporada 2012 el equipo realizó varias modificaciones en la nómina, cambios solicitados por el profesor Santiago Escobar, se contrataron al delantero Johan Fano, el defensor central Óscar Murillo, el volante de marca Jhon Valoy, el lateral Elkin Calle, Farid Díaz, Alexis Henríquez, Alexander Mejía, Jherson Córdoba, Wilder Guisao, Alejandro Bernal, el joven volante creativo Juan Fernando Quintero, Luis Fernando Mosquera, Juan David Valencia, Cristian Tula y el volante creativo Macnelly Torres que volvía al equipo luego de seis meses. 1, Macnelly Torres marcó el 1-1 (1-2 en el global).
2 años, pero este no fue la excepción, el equipo tenía grandes figuras como Giovanni Moreno, Jairo Patiño y Víctor Ibarbo, pero no dio la talla, perdiendo el clásico del fútbol colombiano con Millonarios en Bogotá 1-2 y los clásicos paisas frente al Medellín, el equipo quedó octavo en la fase de todos contra todos y no logró clasificarse a las semifinales. Su primer rival fue Real Cartagena, el primer juego terminó en contra 1-2 y en Cartagena Nacional lo dio vuelta con un 0-2 a favor. En un difícil partido, el Verde abrió el marcador a los 2 minutos con un centro de Edwin Cardona para que Alexis Henríquez empujara el balón para lograr el 1-0 a favor de Nacional y empatar la serie, luego, a los 17 minutos, Édison Toloza empató el partido para dejar a Junior nuevamente arriba en el global. Después de terminados los 90 minutos, Andrés Ibargüen, luego de una jugada individual, centró el balón para que Orlando Berrío marcara el 3-1 a favor, dándole la clasificación a Nacional a las semifinales; Berrío le celebró el gol en la cara al arquero Sebastián Sosa, lo que generó una pelea en la cancha de todos lo jugadores de Rosario Central y la expulsión de Orlando Berrío para Nacional y Damián Musto para el equipo visitante.
El club se coronó campeón de la liga el 17 de julio a las 21 horas y 30 minutos, ganándole a Independiente Santa Fe 2-0 en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, luego de haber empatado sin goles en el Estadio Atanasio Girardot, levantando su título número 12. Su arquero fue Franco Armani, luego de atajar varios tiros en el partido de ida en Medellín. En el minuto 0, Miguel Borja tuvo la primera opción de abrir el marcador, pero terminó mandando el balón por arriba de arco, en el minuto 9 Macnelly Torres cobró un tiro libre donde el balón pegó en el palo izquierdo del arquero, el rebote le quedó a Borja y marcó el 1-0; con este resultado terminó el juego y la serie 2-1 coronándose Atlético Nacional campeón de la Copa Libertadores de América por segunda vez en su historia, clasificando al Mundial de Clubes y a la Recopa Sudamericana. Pues días después se dio la salida de 18 jugadores, pertenecientes al club, que estaban con el equipo a préstamo en otros clubes, y se contrató al extécnico del verde Santiago Escobar, también se contrató a Yovanny Arrechea, Danny Aguilar, Edgar Zapata, Jhon Valencia y a Macnelly Torres, se dio el regreso de Carlos Rentería y se organizó una formación de 25 jugadores más 25 juveniles que era lo que exigía la Dimayor.